С 26 октября 2008 года ОАО «Аэрофлот – российские авиалинии» вводит зимнее расписание, которое будет действовать до 28 марта 2009 года.
В этот период Аэрофлот будет выполнять полеты в 47 стран мира, в том числе в пять стран СНГ (Азербайджан, Армения, Киргизстан, Украина, Узбекистан), осуществлять коммерческие посадки в 94 пунктах, из них 60 пунктов за рубежом (38 пунктов Европы, пять - Америки, два - Африки, пять -  Ближнего и Среднего Востока, десять - Азии), 28 пунктов России (Анапа, Астрахань, Барнаул, Владивосток, Волгоград, Екатеринбург, Иркутск, Калининград, Кемерово, Краснодар, Красноярск, Магадан, Минеральные Воды, Нижневартовск, Новосибирск, Норильск, Омск, Пермь, Петропавловск-Камчатский, Самара, Санкт-Петербург, Сочи, Сургут, Тюмень, Уфа, Хабаровск, Южно-Сахалинск, Челябинск) и шесть городов стран СНГ (Баку, Бишкек, Ереван, Киев, Симферополь, Ташкент).
Во время действия зимнего расписания 2008-2009 гг. в условиях топливного и финансового кризиса будут введены в эксплуатацию эффективные самолеты семейства А320 (А319, А320, А321) и выведена часть топливозатратных воздушных судов Ту-154. На европейском направлении такие замены будут осуществлены на маршрутах Москва – Анталья - Москва (А320), Москва – Будапешт - Москва (А319), Москва – Осло - Москва (А320), Москва – Бухарест - Москва (А320), Москва – Загреб - Москва (А319), в направлении Среднего и Ближнего Востока на маршрутах Москва – Бейрут - Москва (А319), Москва – Дамаск - Москва (А320), в России на маршрутах Москва – Иркутск - Москва (А319/А320), Москва – Красноярск - Москва (А320/А321) и в СНГ на маршруте Москва – Киев - Москва (А320). Кроме того, на маршрутах в Шанхай и Токио будут введены в эксплуатацию новые широкофюзеляжные аэробусы А330, которые начнут поступать в Аэрофлот с ноября 2008 г.
 В 71 город будут выполняться полеты совместной эксплуатации с другими авиакомпаниями (50 - за рубежом и 21  - в России).
В течение зимнего сезона 2008-2009 гг. Аэрофлот, увеличит интенсивность полетов, активизирует взаимодействие с отечественными, в первую очередь, дочерними авиакомпаниям и иностранными партнерами по альянсу  Sky Team. 
Продолжится выполнение полетов по новым маршрутам, открытым летом 2008 года, в Европе между Москвой и Братиславой и в России на маршрутах Москва-Хабаровск-Москва, Москва-Норильск-Москва, Москва-Тюмень-Москва, Красноярск-Норильск-Москва.  
Будет увеличена интенсивность полетов (рейсов в неделю) на следующих направлениях:
Москва – Амстердам - Москва (с семи до 14), Москва – Анталья - Москва (с трех до семи), Москва – Стамбул - Москва (с 14 до 21), Москва - Карловы Вары - Москва (с одного до трех), Москва – Прага - Москва (с 14 до 21), Москва – Варшава - Москва (с девяти до 11), Москва – Гавана - Москва (с трех до четырех), Москва – Шанхай - Москва (с шести до семи), Москва – Каир - Москва (с трех до четырех), Москва – Дубай - Москва (с семи до 14), Москва – Красноярск - Москва (с семи до 21), Москва – Санкт-Петербург - Москва (с 44 до 55), Москва - Южно-Сахалинск - Москва (с двух до пяти).
Членство  Аэрофлота     в международном альянсе Sky Team позволяет пассажирам воспользоваться разветвленной сетью маршрутов и удобными стыковками авиакомпаний-партнеров. Плановое пополнение парка воздушных судов  дает возможность  наращивать частоты на наиболее востребованных направлениях и активизировать взаимодействие Аэрофлота с иностранными партнерами.
Начиная с зимнего сезона 2008-2009 гг. в соответствии с подписанным приложением к соглашению «код-шеринг» ОАО «Аэрофлот – российские авиалинии» и авиакомпания China Southern Airlines приступают к совместной эксплуатации линии Урумчи – Москва - Урумчи.
В зимний сезон дочерняя компания «Аэрофлот Карго» планирует выполнение регулярных грузовых рейсов с увеличенной частотой в 7 аэропортов мира: Хан, Хельсинки, Нарита, Пекин, Шанхай, Гонконг, Сеул. Все рейсы будут выполняться под кодом «RCF/SU» преимущественно на воздушных судах MD-11.